La formación espiritual de monseñor Isaías fue marcada por el contraste entre la educación conservadora de su hogar, las enseñanzas de la escuela pública y los grandes cambios pastorales que se dieron al interior de la Iglesia católica en torno al Concilio Vaticano II (1962-1965). La incidencia de su formación en el Colegio Santander, institución de carácter oficial en Bucaramanga, le permitió adquirir una perspectiva más amplia en cuanto al ámbito popular y social.
Su padre insistía en la necesidad de que Isaías Duarte conociera todos los entornos sociales, lo que tuvo una profunda repercusión en sus reflexiones sobre los problemas de la sociedad colombiana. Particularmente, en el contexto eclesial de los años 60, que fue una época de cambio y de apertura al mundo en el núcleo de la Iglesia católica y, especialmente, en 1958 cuando fue elegido el papa Juan XXIII, quien convocó el Concilio Vaticano II en 1961.
En este contexto histórico, se desarrolló la formación espiritual de Isaías Duarte Cancino, con su ingreso al Seminario Mayor de Pamplona a la edad de 17 años, donde estuvo del año 1957 a 1961 y, posteriormente, fue trasladado al colegio Pío Latinoamericano de Roma, en el cual cursó sus estudios teológicos (1961-1964).
En dicho marco, los cambios propuestos por el concilio ecuménico muy pronto llegaron al continente americano y a Colombia mediante el encuentro de las conferencias episcopales latinoamericanas. En Medellín, en el año de 1968, salen algunas conclusiones que enfatizan sobre la presencia de la Iglesia para transformar a América Latina a la luz del Concilio Vaticano II.
Así, la acción pastoral de monseñor Isaías Duarte recayó sobre tres áreas:
- La promoción del hombre y de los pueblos hacia los valores de justicia, paz, educación y familia.
- La necesidad de evangelización y maduración de la fe a través de la catequesis y liturgia.
- Los problemas giran en torno a toda la comunidad para que sea más fuerte la unidad y la acción pastoral.
Estos fueron los ejes espirituales en torno a los cuales monseñor Isaías Duarte consolidó su acción pastoral, convirtiéndose en un seguidor muy estricto en sus planes pastorales del Concilio Vaticano II.