La arquidiócesis de Cali tiene, dentro de su jurisdicción, los municipios de Cali, Dagua, Jamundí, Yumbo y La Cumbre. El territorio es de una gran importancia para la economía del país debido, entre otras cosas, a su cercanía con el puerto de Buenaventura, salida y entrada comercial al océano Pacífico.

Monseñor Isaías Duarte Cancino llega a la ciudad de Cali cuando la violencia del conflicto armado se recrudeció y se desplazó a las grandes ciudades. Las milicias urbanas de guerrillas como el ELN y las FARC comenzaban a dar duros golpes en las zonas urbanas, con secuestros, atentados y extorsiones. A esto se sumaba la influencia del narcotráfico como una actividad que había tocado todas las esferas sociales, incidiendo en el poder político y económico. Esta actividad ilícita dejó su huella en la violencia urbana de los sectores más vulnerables de la ciudad.